Podle zákona růstu a poklesu pěny v procesu fermentace existují dva způsoby, jak kontrolovat pěnu PMI: Jedním z nich je snížit možnost tvorby pěny úpravou složení média, jako je přidávání méně nebo pomalého zvyšování složení média, které snadno pění, a změnou určitých kultivačních podmínek, jako je pH, teplota, rychlost provzdušňování , rychlost míchání nebo změna fermentačního procesu na kontrolu.

Výhodou mechanického odpěňování je, že není nutné zavádět do fermentační půdy cizí látky, šetří suroviny, snižuje možnost kontaminace a nezvyšuje zátěž následného extrakčního procesu. Účinek PMI pěny však často není tak rychlý a spolehlivý jako odpěňovací prostředek. Vyžaduje určité vybavení a spotřebovává určité množství energie. Jeho největší nevýhodou je, že nedokáže zásadně eliminovat tvorbu pěny, proto se často používá jako pomocný způsob odpěňování.

Mechanické odpěňování je fyzikální metoda odpěňování, která rozbíjí a odstraňuje bubliny pomocí silných mechanických vibrací nebo změn tlaku. Odpěňovací zařízení může být instalováno uvnitř nebo vně nádrže. Nad míchací hřídel v nádrži lze instalovat odpěňovací lopatku a působením cyklonového odstředivého pole lze pěnu drtit. Do odpěňovacího rotoru lze také přidat malé množství odpěňovacího činidla pro zvýšení odpěňovacího účinku. Metodou mimo tank je vytahování pěny z tanku a po rozbití pěny zrychlením trysky nebo odstředivou silou se kapalina vrací do fermentační nádrže.